2009-10'un ikinci yarısında sakatlığını atlatıp kadroya girmeye başlamıştı.
6 şubat 2010 kayserispor galatasaray maçı'nda
lucas neill ile çok uyumlu bir performans göstermişlerdi. o maçtan sonra rijkaard'ın neill-emre ikilisine daha çok yoğunlaşması gerekiyordu ama servet çetin adlı kımıl zararlısı yedek oturunca takımda sorun çıkartıyordu. bu yüzden emre bir ilk 11 oynuyor, bir yedek kalıyordu. malum trabzon maçından önce en son beşiktaş maçında 90 dakika oynamıştı ve iki maç arasında tam 1 ay vardı. o maçta bir hata yaptı ve bileti anında kesildi. halbuki servet'in 2 senedir hatasız oynamadığı, takımı sabote etmediği maç yokken emre'nin ilk ciddi hatasında kulüpten yollanması büyük haksızlıktı.
bizde sakatlıklarla boğuşurken 2010-11'de gaziantepspor'a gidip 26 maç oynaması da dönemin sağlık kurulu hakkında az çok fikir sahibi olmamızı sağlıyor.